Xristian kilsələrinin başçıları Yehovanın Şahidlərinin fəaliyyətinə icazə verildiyini eşidəndə çox qəzəbləndilər. Yeddi protestant kilsəsindən olan 700-dən çox ruhani və dini lider Cakartada seminar təşkil edib hökuməti qadağanı bərpa etməyə məcbur etdi. Ancaq hökumət qərarında qəti idi.

Qadağanın ləğvi ilə bağlı xəbər bütün ölkəyə yayıldıqca ədəbiyyat və ya Müqəddəs Kitab dərsləri ilə bağlı filiala çoxlu müraciətlər gəldi. 2003-cü ildə 42 000-dən çox adam anma mərasimində iştirak etmişdi. Bu isə ölkədəki təbliğçilərin sayından iki dəfə çox idi. Cakartada keçirilən böyük toplantıya 10 000-ə yaxın adam gəlmişdi. Onların arasında Dini İşlər Departamentinin yüksək rütbəli məmuru da var idi. Məmur toplantıda olan gənc və yaşlıların Müqəddəs Kitablarını açıb ayələri izlədiklərini görəndə məəttəl qalmışdı. O, qardaşlara bildirmişdi ki, Yehovanın Şahidləri ilə bağlı yayılan səhv məlumatları düzəltmək niyyətindədir.

Qadağanın aradan götürülməsi İndoneziyaya xüsusi təyinatlı müjdəçilərin qayıtmasına zəmin yaratdı. Geri dönən ilk müjdəçilər bunlar idi: Solomon Adalarından Yozef və Heravati Noyhart *; Tayvandan Esa və Vilhelmina Tarhonin, həmçinin Riner və Felomina Tikman; Yaponiyadan Bil və Nina Peri. Onların ardınca yeni Gilad məzunları gəldi. Bu məzunlar Şimali Sumatra, Kalimantan, Şimali Sulavesi və digər ucqar ərazilərə təyin olunmuşdular.

 2005-ci ildə filial iki yeni teokratik məktəb təşkil etdi. Xidməti Təkmilləşdirmə Məktəbinin (indi Padşahlıq müjdəçiləri məktəbi adlanır) müəllimlərindən biri Yulianus Beniq deyir: «Şagirdlərə müəllimlik və danışıq qabiliyyətlərini yaxşılaşdırmağa və təşkilat üçün daha yararlı olmağa kömək etmək mənə zövq verir». Bu məktəbi bitirənlərin çoxu hal-hazırda xüsusi öncül və ya rayon nəzarətçisi kimi xidmət edir. Səyyar nəzarətçilər üçün Məktəbin * ilk sinfində oxumuş qardaşların əksəriyyəti qadağa dövründə artıq təlim almışdılar. Yeni məktəb onlara qadağa bitdikdən sonra təyinatlarını icra etməyə kömək etdi. Bu məktəbin ilk sinfində oxumuş Ponko Prakyo deyir: «Məktəb mənə rayon nəzarətçisi kimi xidmət edərkən daha şəfqətli olmağı və işimə daha məsuliyyətlə yanaşmağı öyrətdi.  Mən çox ruhlandım və xidmətə həvəsim birə-beş artdı!»

25 il davam edən qadağa ərzində İndoneziyadakı yığıncaqların çoxu görüşləri evlərdə keçirirdi. İbadət evi tikməyə yalnız bir neçə yığıncağın imkanı çatırdı. Həm də ki, ibadət evlərinin tikilməsi üçün icazə almaq müşkül məsələ idi. Yığıncaqlar sürətlə böyüdüyü üçün filial İbadət evlərinin tikintisi stolunu (indi Yerli layihə-inşaat şöbəsi adlanır) təsis etdi.

Yeni tikinti proqramından ilk yararlananlardan biri Nias adaları (Şimali Sumatra) oldu. Qununqsitoli yığıncağında uzun illər xidmət edən Hauqaro Gia deyir: «Yeni ibadət evimizin olacağını eşidəndə sevincdən yerə göyə sığmırdıq. Filial layihəyə rəhbərlik etmək üçün yeddi könüllü göndərdi. Layihə 2001-ci ildə tamamlandı». Yerli tikinti komitəsinin üzvü Funasoki Lauli bölüşür: «Əvvəllər evlərdə yığışdığımız üçün insanlar Yehovanın Şahidlərinə yuxarıdan aşağı baxırdı. Amma ibadət evi tikilib qurtarar-qurtarmaz yığıncağa gələnlərin sayı 20-dən 40-a qalxdı. On iki ay ərzində isə təxminən 500 faiz artım oldu. Bizim ibadət evimiz bu ərazidəki ən gözəl tikilidir və insanlar Yehovanın Şahidlərinə hörmətlə yanaşır».

2006-cı ildə qardaşlar Bandunqda (Qərbi Yava) ilk ibadət evi tikmək üçün yer axtarmağa başladılar. Tikinti komitəsində xidmət etmiş Sinqap Pancaytan adlı ağsaqqal xatırlayır: «Düz on iki ay yer axtardıq. Münasib yer tapandan sonra isə dövlətin tikintiyə icazə verməsi üçün Yehovanın Şahidi olmayan  ən azı 60 qonşunun razılığını almalı idik. Tikintini 76 qonşu dəstəklədi. Onların arasında əvvəllər əleyhimizə olan nüfuzlu bir qadın da var idi. İbadət evinin tikintisi başa çatandan sonra biz qonşularımızı və Bandunqun merini açılışa dəvət etdik. Mer demişdi: “Təmiz və səliqəli ibadət eviniz bütün kilsələr üçün örnəkdir”». Bu ikimərtəbəli ibadət evi 2010-cu ildə Yehovaya həsr olundu.

2001-ci ildən bəri İndoneziyada 100-dən çox ibadət evi tikilib, amma hələ də çoxlu ibadət evinə ehtiyac var.