УИСТЪН е известен също, особено сред изследователите на Библията, с превода си на английски на трудовете на юдейския историк от първи век Йосиф Флавий. Този превод хвърлил много светлина върху историята на юдеите и живота на първите християни.

Уистън посветил будния си ум на много въпроси, особено във връзка с науката и религията. Той вярвал, че разказът на Библията за сътворението е точен и че замисълът, елегантността и редът в природата свидетелстват за велик Архитект.

Освен това Уистън смятал, че християнските църкви са се разделили на твърде много деноминации. Според него причината била, че духовниците са се отклонили от Библията, давайки предпочитание на небиблейски учения и традиции от църковни събори и от т.нар. отци на църквата.

Тъй като за Уистън Библията била книга, съдържаща духовни истини, той отхвърлял вярването за вечни мъчения в адски огън. За него то било абсурдно и жестоко и дори представлявало обида срещу Бога. Но главното, с което си навлякъл омразата на църквата, бил фактът, че отхвърлял доктрината за Троицата, според която Бог се състои от три равнопоставени еднакво вечни личности — Баща, Син и Свети дух. Според доктрината обаче те не са трима богове, а един бог.

След като внимателно изследвал въпроса, Уистън стигнал до заключението, че първите християни не проповядвали за Троицата, но това учение било възприето впоследствие, когато езическата философия проникнала в християнството. * Приятелите му го предупредили колко опасно е да публикува откритията си, но Уистън не можел да пренебрегне онова, което смятал за изопачаване на истинската същност на Исус като Син на Бога и негово творение.

Кеймбриджкият университет освобождавал от длъжност всекиго, който разпространявал идеи, противоречащи на доктрините на англиканската църква. Това означавало, че Уистън щял да загуби позицията си. Но той не можел да замълчи за разлика от Нютон, който също смятал Троицата за фалшиво учение, но бил дискретен в изразяването на убежденията си. Уистън писал: „Никакви светски мотиви не могат ... да ме разубедят.“

През 1710 г. Уистън бил изключен от Кеймбриджкия университет. Заради отказа си да направи компромис с вярванията си „от известен академик станал изгнаник“. Дори това не успяло да го сплаши. Всъщност, макар че бил обвинен като еретик, Уистън написал поредица от есета, наречени „Ранното християнство възобновено“, като с „ранното християнство“ имал предвид вярванията на първите последователи на Исус. След време Уистън основал дружество за разпространяване на ранното християнство, чиито членове се събирали в дома му в Лондон.

Макар че загубил професорската си длъжност и известно време имал финансови затруднения, Уистън продължавал да пише и да изнася лекции в лондонските кафенета. През 1737 г. той допринесъл за разбирането на историческата обстановка по време на ранното християнство, като публикувал превода си на трудовете на Йосиф Флавий, който продължава да се издава и до днес.

Заради смелата, но непопулярна позиция на Уистън мнозина го смятат за „ексцентрична личност“, казва авторът Джеймс Форс. Други го уважават като библейски учен, искрен търсач на истината за Бога и човек, решен да живее според вярванията си.