V roce 1953 začal Peter Vanderhaegen v Indonésii sloužit jako krajský dozorce. Jeho působištěm byla celá Indonésie, tedy oblast o rozloze 5 100 krát 1 800 kilometrů. Při službě na tomto rozlehlém území zažil mnoho nebezpečných situací.

V roce 1954 cestoval do východní části Indonésie, která je nábožensky velmi pestrá. Na ostrově Bali vyznává většina obyvatel hinduismus. Ostrovy Lombok a Sumbawa jsou z větší části muslimské. Na ostrově Flores žijí převážně katolíci a na Sumbě, Aloru a Timoru  protestanti. Když se Peter na vratkém člunu plavil do Kupangu, hlavního města Západního Timoru, po cestě navštívil s dobrou zprávou několik ostrovů. Vyprávěl: „Kázal jsem na Timoru dva týdny. I když silně pršelo, rozdal jsem všechny publikace, od 34 lidí jsem dostal žádost o pravidelný odběr časopisů a zahájil jsem několik biblických studií.“ Za lidmi, kteří během návštěvy bratra Vanderhaegena projevili zájem, se později vydali zvláštní průkopníci a časem vznikl v Kupangu sbor. Odtamtud se dobrá zpráva šířila na sousední ostrovy Roti, Alor, Sumba a Flores.

Když protestanští duchovní v Kupangu viděli, že jejich ovečky naslouchají svědkům Jehovovým, žárlili a přivádělo je to k nepříčetnosti. Jeden starší duchovní nařídil Thomasi Tubulauovi, postaršímu jednorukému klempíři, aby přestal se svědky studovat, a dodal, že jinak poteče krev. Thomas mu odvážně odpověděl: „Tohle by křesťan nikdy neřekl. Do vašeho kostela už nevkročím.“ Thomas se stal horlivým hlasatelem Království a jeho dcera zvláštní průkopnicí.

Duchovní na Timoru byli ale rozhodnutí svědky Jehovovy zastavit. V roce 1961 dosáhli toho, že ministerstvo pro náboženské záležitosti a místní vojenští činitelé zakázali službu dům od domu. Bratři se té situaci přizpůsobili a kázali na tržištích, u studen, rybářům, kteří vytahovali svůj úlovek na břeh, a lidem, kteří přišli na hřbitov zavzpomínat na své blízké. Po měsíci zaujali vojenští činitelé liberálnější postoj a oznámili v rádiu, že na Timoru platí náboženská svoboda. Když úředníci z ministerstva pro náboženské záležitosti trvali na tom, že služba dům od domu je pořád zakázaná,  bratři je požádali, aby toto prohlášení vydali písemně. To ale neudělali. Bratři proto znovu začali neohroženě kázat dům od domu.

S odporem duchovních se setkali i Piet a Nell de Jagerovi a Hans a Susie van Vuureovi, kteří v roce 1962 přijeli na Papuu. Tři církevní hodnostáři za nimi přišli a chtěli po nich, aby odešli kázat jinam. Z kazatelny, v tisku i v rádiu duchovenstvo křivě obviňovalo svědky Jehovovy z protivládní činnosti. Své farníky, kteří začali se svědky studovat, se snažili přemluvit, zastrašit anebo podplatit, aby studovat přestali. A na kmenové náčelníky naléhali, aby svědkům v kázání bránili.

Takové snahy ale někdy přinesly opačný výsledek. Jeden náčelník pozval misionáře do své vesnice. Hans vzpomínal: „Když náčelník svolal vesničany, přednesli jsme s Pietem dva krátké proslovy, ve kterých jsme vysvětlili podstatu naší činnosti. Naše manželky pak krátce předvedly, jak to bude vypadat, až u nich zaklepeme, oni nás pozvou dál a my jim předáme stručné poselství z Bible. Náčelníkovi i ostatním se to líbilo a nechali nás ve vesnici sloužit.“

Většina takových setkání proběhla podle podobného scénáře. Muslimové našemu kázání odporovali málokdy, zatímco duchovní křesťanských církví často. A totéž lze říct i dnes.

Ježíš svým učedníkům řekl: „Budete kvůli mně vláčeni před místodržitele a krále na svědectví jim a národům.“ (Mat. 10:18) Tato slova se v Indonésii opakovaně plnila.

 V roce 1960 uveřejnil jeden významný nizozemský teolog v Jakartě knihu, ve které byli svědkové Jehovovi označeni za falešné křesťany. Podnítila mnoho duchovních, aby proti svědkům vytáhli do boje. Kněží z jednoho města například napsali na ministerstvo pro náboženské záležitosti dopis, ve kterém si stěžovali, že svědkové „matou členy jejich církve“. Když úředníci bratry pozvali, aby se k obviněním vyjádřili, bratři uvedli věci na pravou míru a vydali tak dobré svědectví. Jeden z úředníků pak řekl svému kolegovi: „Nech svědky Jehovovy na pokoji. Aspoň se ti spící protestanti proberou.“

 V roce 1964 skupina protestanských duchovních z Papuy předložila parlamentní komisi pro náboženské a sociální záležitosti žádost, aby byli svědkové Jehovovi zakázáni. Pobočka zase komisi požádala, aby mohla přednést obhajobu. Tagor Hutasoit vyprávěl: „Pronesli jsme před komisí asi hodinovou řeč, ve které jsme jasně vysvětlili podstatu naší biblické vzdělávací činnosti. Jeden politik z řad našich odpůrců, který byl protestant, nás falešně obvinil z toho, že na Papui vyvoláváme náboženské nepokoje. Někteří členové výboru byli muslimové a většina z nich byla naší činnosti nakloněna. Řekli nám: ‚Ústava zaručuje náboženskou svobodu, takže máte právo kázat.‘ Po tomto jednání jeden vysoký vládní úředník na Papui prohlásil: ‚Současná vláda zajišťuje svobodu vyznání i novým náboženstvím.‘“