I 1953 blev Peter Vanderhaegen udnævnt som kredstilsynsmand i Indonesien. Kredsen omfattede hele landet og strakte sig omkring 5.100 kilometer fra øst til vest og 1.800 kilometer fra nord til syd. I dette vidtstrakte område kom han ofte ud i mange nervepirrende situationer.

I 1954 rejste bror Vanderhaegen til den østlige del af Indonesien, hvor der findes mange religioner. Området omfatter blandt andet Bali, der har en stor hindu-befolkning, Lombok og Sumbawa, hvis befolkning er overvejende muslimsk, Flores, der hovedsageligt er  katolsk, og Sumba, Alor og Timor, hvor de fleste er protestanter. I en vakkelvorn båd besøgte han adskillige øer og forkyndte kort hvert sted inden han til sidst kom til Kupang på øen Timor. “Jeg forkyndte på Timor i to uger,” fortalte bror Vanderhaegen. “Trods kraftigt regnvejr afsatte jeg al min litteratur, tegnede 34 abonnementer og påbegyndte flere bibelstudier.” Nogle specialpionerer fulgte op på interessen og oprettede en menighed i Kupang. Derfra spredtes den gode nyhed til naboøerne Rotè, Alor, Sumba og Flores.

Da de protestantiske præster i Kupang opdagede at deres sognebørn lyttede til Jehovas Vidner, blev de optændt af misundelse og vrede. En højtstående præst beordrede Thomas Tubulau, en ældre blikkenslager der manglede den ene hånd, til at holde op med at studere med Jehovas Vidner og tilføjede at hvis han ikke holdt op med at fortælle andre hvad han havde lært, ville der flyde blod. Thomas svarede modigt: “Ingen kristen ville sige det du lige sagde. Du kommer ikke til at se mig i din kirke mere!” Thomas blev en ivrig forkynder af Riget, og hans datter blev specialpioner.

Præsterne på Timor var dog fast besluttet på at knuse Jehovas Vidner. I 1961 lykkedes det dem at få ministeriet for religiøse anliggender og de lokale militære myndigheder til at forbyde forkyndelsen fra hus til hus. Men brødrene tilpassede bare deres forkyndelsesmetoder. De forkyndte for folk på markedspladser og ved brønde, for fiskere der halede deres fangst i land, og for familier der besøgte gravsteder. Efter en måned blev de militære myndigheder mildere stemt og meddelte over radioen at der var religionsfrihed på Timor. Da ministeriet for religiøse anliggender insisterede på at forkyndelsen  fra hus til hus stadig var forbudt, bad brødrene om at få det på skrift. Embedsmændene afviste deres forespørgsel. Så brødrene fortsatte med at gå fra hus til hus uden at blive hindret.

Da missionærerne Piet og Nell de Jager og Hans og Susie van Vuure kom til Papua i 1962, mødte de også modstand fra kristenhedens præsteskab. Tre højtstående præster opsøgte missionærerne og gav dem besked på at de skulle finde et andet sted at forkynde. Fra prædikestolen, på tryk og over radioen anklagede præsteskabet falskeligt Jehovas Vidner for at opfordre til oprør mod regeringen. De chikanerede, truede eller bestak også enhver kirkegænger der studerede med missionærerne. De lagde desuden pres på de lokale høvdinger for at få dem til at modarbejde vores forkyndelse.

Det gav dog bagslag da en høvding inviterede missionærerne til at besøge sin landsby. “Efter at høvdingen havde samlet landsbyboerne, holdt Piet og jeg to korte foredrag om vores arbejde,” sagde Hans. “Derefter demonstrerede vores koner hvordan vi plejede at banke på folks døre, tage imod deres invitation om at komme indenfor og vise dem et kort budskab fra Bibelen. Høvdingen og hans folk syntes godt om vores præsentation og tillod os at fortsætte med vores arbejde.”

Sådanne situationer var meget typiske. Det var sjældent muslimer der stod i vejen for forkyndelsesarbejdet; modstanden kom næsten altid fra kristenhedens præster. Dette gør sig stadig gældende i dag.

Jesus sagde til sine disciple: “I vil blive slæbt for landshøvdinger og konger for min skyld, til et vidnesbyrd for dem og nationerne.” (Matt. 10:18) Denne  udtalelse er gået i opfyldelse gentagne gange i Indonesien.

I 1960 udgav en fremtrædende hollandsk teolog i Jakarta en bog der stemplede Jehovas Vidner som falske kristne. Bogen fik mange præster til at rette yderligere angreb mod Vidnerne. For eksempel skrev nogle præster i en by til ministeriet for religiøse anliggender og anklagede Vidnerne for at “forvirre kirkens medlemmer”. Da embedsmændene bad brødrene om at svare på anklagerne, fremlagde de kendsgerningerne, og der blev aflagt et godt vidnesbyrd. En religiøs embedsmand sagde til sin kollega: “Lad Jehovas Vidner være i fred. De vækker jo protestanterne af deres søvn.”

 I 1964 anmodede en gruppe protestantiske præster i Papua parlamentsudvalget for religiøse og sociale anliggender om at forbyde Jehovas Vidners arbejde. Afdelingskontoret bad om lov til at forsvare sig over for udvalget. “Vi talte til udvalget i næsten en time og gjorde tydeligt rede for vores bibelundervisningsarbejde,” fortalte Tagor Hutasoit. “En fjendtligsindet politiker – en protestant – anklagede os for at være årsag til religiøs uro i Papua. Men de fleste muslimske medlemmer af udvalget var imødekommende. De sagde: ‘Grundloven garanterer religionsfrihed, så I har ret til at forkynde.’” Efter dette møde erklærede et højtstående regeringsmedlem i Papua følgende: “Den nye regering ... opretholder retten til religionsfrihed, også når det gælder nye religioner.”