Unter den Kirchenführern kam es zu einem Aufschrei, als sie davon erfuhren, dass Jehovas Zeugen Religionsfreiheit gewährt worden war. Über 700 Geistliche und führende Laien aus sieben protestantischen Kirchen organisierten in Jakarta eine Veranstaltung. Sie wollten die Regierung aufstacheln, das Verbot wieder in Kraft zu setzen. Die Regierung ließ sich darauf aber nicht ein.

Sobald sich im Land die Aufhebung des Verbots herumgesprochen hatte, schrieben viele an das Zweigbüro und baten um Literatur oder ein Bibelstudium. 2003 gab es beim Gedächtnismahl über 42 000 Besucher — die Zahl war doppelt so hoch wie die der Verkündiger im Land. Fast 10 000 Personen besuchten einen Kongress in Jakarta. Darunter war auch ein hochrangiger Beamter des Religionsministeriums, der überrascht war, dass Jung und Alt versammelt waren und Bibelstellen in ihrer Bibel mitverfolgten. Der Beamte sicherte den Brüdern zu, die Falschinformationen richtigzustellen, die über Jehovas Zeugen im Umlauf waren.

Nach Ende des Verbots konnten auch viele Missionare wieder nach Indonesien zurückkehren. Zuerst kamen Josef und Herawati Neuhardt * (von den Salomonen), Esa und Wilhelmina Tarhonen (aus Taiwan), Rainer und Felomena Teichmann (aus Taiwan) sowie Bill und Nena Perrie (aus Japan). Ihnen folgten neue Gileadabsolventen, die nach Nordsumatra, Kalimantan, Nordsulawesi und in andere entlegene Gebiete geschickt wurden.

 2005 führte das Zweigbüro zwei theokratische Schulen durch, die für das Land neu waren. Julianus Benig, einer der Unterweiser der Schule zur dienstamtlichen Weiterbildung (jetzt Schule für Königreichsverkündiger), erzählt: „Es hat mir wirklich Freude gemacht, den Schülern zu helfen, ihre Lehr- und Redefähigkeit zu verbessern und sich in der Organisation noch mehr einzubringen.“ Viele Absolventen dieser Schule sind jetzt Sonderpioniere oder Kreisaufseher. Die meisten Brüder, die die erste Klasse der Schule für reisende Aufseher (jetzt Schule für Kreisaufseher und ihre Frauen) besuchten, waren zwar anfangs unter Verbot geschult worden, aber die neue Schule rüstete sie für ihre Aufgaben noch besser aus. Ponco Pracoyo, der in der ersten Klasse war, schrieb: „Die Schule hat mir geholfen, mitfühlender zu werden und meine Rolle als Kreisaufseher verantwortungsbewusster auszufüllen. Sie hat mich belebt und motiviert!“

Während des 25-jährigen Verbots versammelten sich die Brüder zur Anbetung meistens in kleinen Wohnungen. Wenige Versammlungen hatten die finanziellen Mittel, einen Königreichssaal zu bauen, und es war fast unmöglich, Baugenehmigungen für neue Anbetungsstätten zu erhalten. Da viele Versammlungen aus allen Nähten platzten, rief das Zweigbüro den „Bereich Königreichssaalbau“ (jetzt Lokale Planungs- und Bauabteilung) ins Leben und half damit einem dringenden Bedarf ab.

Die Brüder auf der Insel Nias (Nordsumatra) waren die Ersten, denen das neue Bauprogramm zugutekam. Haogo’aro Gea, der schon lange zur Versammlung Gunungsitoli gehört, sagt: „Als wir erfuhren, dass wir einen neuen Königreichssaal bekommen würden, waren wir überglücklich. Das Zweigbüro schickte sieben Bauhelfer, um das Projekt zu leiten. Der Saal wurde 2001 fertiggestellt.“ Faonasökhi Laoli, ein Mitglied des örtlichen Baukomitees, erinnert sich: „Bislang kamen wir in kleinen Wohnungen zusammen und die Einwohner der Gemeinde blickten auf Jehovas Zeugen herab. Doch sobald der Königreichssaal fertig war, stieg die durchschnittliche Zahl der Anwesenden von 20 auf 40. Innerhalb eines Jahres erhöhte sich die Besucherzahl um das Fünffache. Unser Saal ist der schönste in der ganzen Gegend, und die Gemeinde begegnet Jehovas Zeugen jetzt mit Respekt.“

2006 begannen die Brüder, ein Grundstück für den ersten Königreichssaal in Bandung (Westjava) zu suchen. Singap Panjaitan, ein Ältester des Baukomitees, berichtet: „Es dauerte ein Jahr, bis wir ein geeignetes Grundstück gefunden hatten. Um jedoch von den Behörden  eine Baugenehmigung zu bekommen, mussten mindestens 60 Nachbarn, die keine Zeugen waren, ihr Einverständnis geben. 76 stimmten zu, einschließlich einer einflussreichen Dame, die anfangs gegnerisch eingestellt war. Als der Saal fertig war, luden wir unsere Nachbarn und den Bürgermeister von Bandung zum Tag der offenen Tür ein. Der Bürgermeister sagte: ‚Dieses saubere und ordentliche Gotteshaus setzt den Maßstab für alle anderen Kirchen.‘ “ Der zweigeschossige Königreichssaal wurde 2010 der Bestimmung übergeben.

Seit 2001 wurden in Indonesien über 100 Königreichssäle gebaut, doch es werden noch viel mehr benötigt.