ERITI just piibliuurijate seas on Whiston tuntud ka kui 1. sajandi juudi ajaloolase Josephus Flaviuse kirjutiste inglise keelde tõlkija. Josephuse teosed heidavad märkimisväärselt valgust juudi ajaloole ja varakristlikule maailmale.

Whiston rakendas oma teravat intellekti paljudes küsimustes, eriti mis puudutasid teadust ja religiooni. Ta uskus, et Piibli loomislugu on õige ning et looduses ilmnev kavandatus, elegantsus ja kord osutab jumalikule arhitektile.

Lisaks uskus Whiston, et ristiusu kirikud on killustunud arvukateks konfessioonideks sellepärast, et vaimulikud on Piiblist kõrvale kaldunud, eelistades Piiblil mittepõhinevaid õpetusi ning kirikukogude ja kirikuisade traditsioone.

Kuna Whiston tunnustas Piiblit kui usulise tõe raamatut, heitis ta kõrvale igavese põrgupiina idee. Ta pidas seda absurdseks ja julmaks, aga ka Jumalat solvavaks. Kuid eeskätt põhjustas tema konflikti kiriku võimukandjatega see, et ta ei tunnustanud kolmainsust, õpetust, mis määratleb Jumalat kui kolme täiesti võrdset ja igavikulist isikut: Isa, Poega ja Püha Vaimu. Ent samas pole selle doktriini järgi olemas kolme jumalat, vaid üks jumal.

Asja hoolega uurinud, jõudis Whiston järeldusele, et algkristlased kolmainsust ei õpetanud; see võeti omaks hoopis hiljem, kui kristlusse imbus paganlik filosoofia. * Sõbrad hoiatasid Whistonit ohtude eest, mis kaasnevad tema uurimistulemuste avaldamisega, kuid ta ei saanud suhtuda ükskõikselt sellesse, et Jeesuse kui Jumala Poja ja loodud olevuse tõelist olemust oli moonutatud.

Cambridge’i ülikool ei lubanud ametisse kedagi, kes propageeris anglikaani kiriku doktriiniga vastuollu minevaid ideid. See aga tähendas, et Whiston võis jääda oma professoritoolist ilma. Kõigele vaatamata ei püsinud ta vait — seda erinevalt Newtonist, kes samuti pidas kolmainsust väärõpetuseks, kuid jättis oma vaated enda teada. Whiston kirjutas: „Mind ei saa hoida tagasi . . . mitte mingisugused ilmalikud ajendid.”

Aastal 1710 lasti Whiston Cambridge’ist lahti. Kuna ta keeldus oma tõekspidamiste suhtes kompromissi tegemast, sai temast, tunnustatud akadeemikust, põlatud mees. Whiston ei heitunud isegi siis. Ajal, mil teda süüdistati ketserluses, kirjutas ta sarja esseesid nimetusega „Primitive Christianity Revived” (Algkristluse taaselustamine), kusjuures algkristluse all mõtles ta kristlust, mida järgisid Jeesuse esimesed järelkäijad. Hiljem asutas Whiston algkristluse propageerimise ühingu, mis käis koos tema Londoni-kodus.

Ehkki Whiston jäi professoriametist ilma ja oli mõnda aega rahalises kitsikuses, jätkas ta kirjutamist ja Londoni kohvikutes loengute pidamist. Edendamaks algkristluse ajaloolise konteksti mõistmist, avaldas ta aastal 1737 Josephuse teoste tõlke. Seda on trükitud sellest ajast saadik.

Nüüdisajal peetakse Whistonit tema kartmatu, ent ebapopulaarse seisukohavõtu tõttu „ekstsentriliseks kujuks”, nagu ütleb kirjanik James Force. Kuid on neid, kes suhtuvad imetlusega temasse kui piibliõpetlasse, usutõe siirasse otsijasse ja kindlameelselt oma tõekspidamiste järgi elanud mehesse.