WHISTON tunnetaan varsinkin Raamatun tutkijoiden keskuudessa siitä, että hän käänsi englanniksi ensimmäisellä vuosisadalla eläneen juutalaisen historioitsijan Flavius Josefuksen teokset. Ne loivat valoa juutalaisten historiaan ja varhaiskristilliseen aikaan.

Terävä-älyinen Whiston perehtyi moniin tiedonaloihin, erityisesti tieteeseen ja uskontoon. Hän uskoi, että Raamatun luomiskertomus on paikkansapitävä ja että luonnossa ilmenevä suunnittelu, kauneus ja järjestys kertovat jumalallisesta arkkitehdista.

Lisäksi Whiston oli sitä mieltä, että kristikunnan kirkot olivat pirstoutuneet moniksi lahkoiksi, koska papit olivat poikenneet Raamatusta ja suosineet kirkolliskokousten ja niin sanottujen kirkkoisien muovaamia epäraamatullisia opetuksia ja perinteitä.

Koska Whiston piti Raamattua hengellisen totuuden kirjana, hän hylkäsi ajatuksen ikuisesta piinasta helvetintulessa. Hän piti tuota opetusta järjettömänä ja julmana sekä Jumalaa loukkaavana. Hän oli napit vastakkain kirkonmiesten kanssa varsinkin siksi, että hän ei hyväksynyt kolminaisuusoppia. Tämän opin mukaan Jumalassa on kolme yhdenvertaista ja yhtä iankaikkista persoonaa – Isä, Poika ja Pyhä Henki – mutta silti ei ole kolmea jumalaa, vaan yksi.

Huolellisen tutkimustyön jälkeen Whiston tuli siihen tulokseen, että varhaiskristityt eivät opettaneet kolminaisuutta, vaan se omaksuttiin myöhemmin, kun kristillisyyteen sekoittui pakanafilosofiaa. * Whistonin ystävät sanoivat, että hänen olisi vaarallista julkaista näkemyksiään. Hän ei kuitenkaan voinut sivuuttaa sitä havaintoaan, että Jeesuksen todellista olemusta – sitä että Jeesus oli Jumalan Poika ja luotu – oli vääristelty.

Cambridgen yliopisto poisti virasta jokaisen, joka opetti vastoin anglikaanisen kirkon oppia. Whiston siis saattoi menettää professorinvirkansa. Hän ei kuitenkaan pysynyt hiljaa, toisin kuin Newton, joka myös piti kolminaisuusoppia vääränä mutta ei esittänyt näkemyksiään julkisesti. Whiston kirjoitti: ”Mitkään maalliset syyt – – eivät saa minua kääntämään päätäni.”

Vuonna 1710 Whiston erotettiin Cambridgesta. On sanottu, että koska Whiston ei luopunut käsityksistään, hän ”muuttui nimekkäästä tutkijasta hylkiöksi”. Tämäkään ei pelästyttänyt häntä. Päinvastoin kun häntä syytettiin harhaoppisuudesta, hän kirjoitti sarjan tutkielmia, jotka käsittelivät Jeesuksen varhaisten seuraajien harjoittamaa alkuperäistä kristillisyyttä (Primitive Christianity Revived). Myöhemmin Whiston perusti alkuperäistä kristillisyyttä edistävän seuran, joka kokoontui hänen kodissaan Lontoossa.

Whiston menetti professorinvirkansa ja kärsi jonkin aikaa taloudellisia vaikeuksia, mutta siitä huolimatta hän jatkoi kirjoittamista ja luennoi Lontoon kahviloissa. Selventääkseen varhaiskristillisyyden historiallista taustaa hän julkaisi vuonna 1737 englanninkielisen käännöksen Josefuksen teoksista. Hänen käännöstään on painettu siitä lähtien.

Whistonin rohkeiden mutta epäsuosittujen käsitysten vuoksi monet pitävät häntä ”eriskummallisena hahmona”, sanoo kirjailija James E. Force. Toiset puolestaan arvostavat häntä raamatunoppineena, vilpittömänä uskonnollisen totuuden etsijänä ja miehenä, joka piti päättäväisesti kiinni uskonkäsityksistään.