WHISTON est aussi connu, surtout par les étudiants de la Bible, pour avoir traduit en anglais les écrits de Flavius Josèphe, historien juif du I^er siècle. Les Œuvres de Josèphe nous en apprennent beaucoup sur l’histoire des Juifs et le monde dans lequel vivaient les premiers chrétiens.

Whiston a utilisé son brillant esprit pour étudier quantité de sujets, dont la science et la religion. Il croyait en l’exactitude du récit biblique de la création et pour lui, le génie, la finesse et l’ordre présents dans la nature prouvaient l’existence d’un Architecte divin.

Il croyait aussi que les Églises de la chrétienté s’étaient divisées en de nombreux courants religieux parce qu’elles s’étaient écartées de la Bible. Elles préféraient les enseignements et les traditions non bibliques établis par les conciles ecclésiastiques et les « Pères de l’Église ».

Convaincu que la Bible révélait la vérité sur Dieu, Whiston rejetait le dogme de l’enfer de feu. Il le considérait comme absurde et cruel, et même insultant pour Dieu. Mais ce qui l’opposait surtout aux responsables de l’Église, c’était son rejet de la Trinité, selon laquelle Dieu est composé de trois personnes égales et éternelles — le Père, le Fils et le Saint-Esprit —, qui forment, non pas trois dieux, mais un dieu unique.

Après des recherches minutieuses, Whiston a compris que la Trinité n’était pas enseignée par les premiers chrétiens, mais qu’elle avait été adoptée plus tard, lorsque des philosophies païennes s’étaient mêlées au christianisme *. Ses amis l’ont averti qu’il était risqué de publier ses découvertes, mais il ne pouvait se taire face à ce qu’il considérait comme une tromperie sur la véritable nature de Jésus, à savoir qu’il est le Fils de Dieu et a été créé.

L’université de Cambridge interdisait d’exercer quiconque enseignait des idées contraires à la doctrine anglicane. Whiston pouvait donc perdre son poste. Cela ne l’a pas fait taire pour autant, contrairement à Newton, qui savait aussi que la Trinité était fausse, mais qui n’a jamais exprimé son opinion ouvertement. Whiston a écrit : « Aucune raison matérielle quelle qu’elle soit [...] ne me dissuadera de parler. »

En 1710, Whiston a été renvoyé de Cambridge. Parce qu’il refusait de renier ses croyances, cet universitaire renommé a été exclu de la société. Mais il ne s’est pas laissé intimider. Alors même qu’il était accusé d’hérésie, il a écrit le Christianisme primitif rétabli. L’expression « christianisme primitif » désigne le christianisme de départ, celui que pratiquaient les premiers disciples de Jésus. Par la suite, Whiston a fondé la Société de promotion du christianisme primitif, qui tenait ses réunions à son domicile londonien.

Malgré la perte de son poste de professeur et ses difficultés financières, Whiston a continué d’écrire et de donner des conférences dans des cafés de Londres. En 1737, soucieux d’aider les gens à connaître le contexte historique des premiers chrétiens, il a publié sa traduction des écrits de Josèphe. Celle-ci continue d’être imprimée aujourd’hui.

En raison de sa prise de position courageuse mais impopulaire, beaucoup voient en Whiston « un personnage excentrique », observe l’auteur James Force. D’autres, par contre, l’admirent pour sa connaissance de la Bible, sa recherche sincère de la vérité religieuse et sa détermination à rester fidèle à ses croyances.