WHISTON arról is jól ismert, különösen a Biblia tanulmányozói előtt, hogy lefordította angolra az első századi zsidó történetíró, Josephus Flavius írásait. A The Works of Josephus című művéből sok mindent megtudunk a zsidók történelméről és a korai keresztények életéről.

Whiston nagyon sok témában kutatott, főként a tudomány és a vallás érdekelte. Hitt abban, hogy a Biblia teremtési beszámolója pontos, és szilárd meggyőződése volt, hogy a természetben megfigyelhető tervezettség, szépség és rendezettség egy emberfeletti tervezőre mutat.

Továbbá azt vallotta, hogy a kereszténység azért bomlott fel rengeteg kis felekezetre, mert a papság eltért a Bibliától. Jobban ragaszkodtak zsinatokon megfogalmazott és egyházatyák által elfogadott tanításokhoz és hagyományokhoz, melyek ellentmondtak a Bibliának.

Whiston hitte, hogy a Biblia az igazságot tartalmazza Istenről. Éppen ezért elutasította a pokoltűzben való örök kínzás gondolatát, mint ami elképzelhetetlen, kegyetlen és Istenre nézve sértő. Legfőképpen azért került szembe az egyházzal, mert nem hitt a háromságban, mely szerint egy Istenben három egyenlő és örökkévaló személy van: az Atya, a Fiú és a Szentlélek.

Gondos kutatás eredményeként Whiston arra a következtetésre jutott, hogy az első századi keresztények nem hittek a háromságban, és az csak később szivárgott be a keresztény egyház tanításaiba a többi pogány hitnézettel együtt. * A barátai figyelmeztették Whistont, hogy veszélybe sodorhatja magát, ha publikálja a véleményét, de ő nem tudta figyelmen kívül hagyni azt a felismerést, hogy az egyházban elferdült nézetet vallanak Jézusról, aki igazából Isten Fia és teremtménye.

A Cambridge-i Egyetem mindenkit eltávolított az állásából, aki az anglikán egyház tanításaival ellentétes hitnézeteket hirdetett. Ezért Whiston pozíciója is veszélybe került. Ám még ekkor sem hallgatta el a véleményét, nem úgy, mint Newton, aki szintén hamis tanításnak tekintette a háromságot, de titokban tartotta a nézőpontját. Whiston ezt írta: „Semmilyen világi érdek. . . sem tart vissza.”

1710-ben Whistont száműzték a Cambridge-ről. Mivel nem volt hajlandó megalkudni a hitnézeteiben, a híres professzorból kitaszított lett. Mindez nem félemlítette meg. Noha eretnekséggel vádolták, írt egy többrészes esszét Primitive Christianity Revived (Felélesztett őskereszténység) címmel. Később az őskereszténység előmozdítása érdekében alapított egy társaságot, mely a londoni otthonában tartott gyűléseket.

Bár elvesztette a professzori állását, és anyagilag is sok kár érte, Whiston továbbra is publikált és előadásokat tartott londoni kávéházakban. Hogy betekintést nyújtson az első századi keresztények korába, 1737-ben kiadta a fordítását Josephus írásairól, melyet a mai napig nyomtatnak.

Bátor kiállása, ám nem túl népszerű álláspontja miatt Whistont sokan „különcnek” tartják, mondja James E. Force író. Mások viszont felnéznek rá mint bibliatudósra, az igazság őszinte kutatójára, egy olyan emberre, aki tartotta magát a hitnézeteihez.