휘스턴은 1세기 유대인 역사가 플라비우스 요세푸스의 저술물을 영어로 번역한 것으로 성경을 연구하는 사람들에게 잘 알려져 있습니다. 그 저술물은 유대인 역사와 초기 그리스도교 세계에 관해 많은 점을 밝혀 줍니다.

휘스턴은 자신의 예리한 지적 능력으로 다양한 분야를 연구했으며 특히 과학과 종교에 관심이 많았습니다. 그는 성경의 창조 기록이 정확하다고 믿었으며 자연에 나타나 있는 설계의 증거와 우아함과 질서 정연함을 볼 때 만물을 만드신 하느님이 틀림없이 존재한다고 생각했습니다.

그에 더해, 휘스턴은 그리스도교국의 교회들이 여러 분파로 분열된 이유가 교직자들이 성경에서 빗나가, 교회 회의나 소위 교부(教父)들의 비성경적인 가르침과 전통을 앞세웠기 때문이라고 믿었습니다.

성경이 영적 진리가 담긴 책이라고 생각했던 휘스턴은 지옥불에서의 영원한 고초에 관한 가르침을 거부했습니다. 그는 그것이 터무니없고 잔인한 것으로서 하느님께 모독을 돌리는 교리라고 생각했습니다. 그가 교회 당국과 마찰을 빚었던 한 가지 주된 이유는 삼위일체를 거부했기 때문입니다. 삼위일체란 하느님이 성부, 성자, 성신이라고 하는 세 위로 이루어져 있다고 가르치는 교리입니다. 그 교리에 의하면, 각각의 위가 서로 동등하며 각기 영존하지만 세 하느님이 아니라 하나의 하느님이 존재합니다.

휘스턴은 주의 깊이 연구한 끝에 초기 그리스도인들이 삼위일체를 가르치지 않았으며 그 교리는 이교 철학이 그리스도교에 침투하면서 도입된 것이라는 결론을 내렸습니다. * 그의 벗들은 그가 발견한 점을 공식적으로 발행한다면 어려움에 처하게 될 것이라고 경고했습니다. 하지만 휘스턴은 하느님의 아들이자 창조된 존재인 예수의 진정한 본성이 오도되는 현실을 보고만 있을 수 없었습니다.

케임브리지 대학교는 영국 국교회의 교리와 상충되는 사상을 가르치는 사람은 그 누구도 발붙일 수 없게 했기 때문에, 휘스턴은 교수직을 상실하게 될 위험에 처했습니다. 하지만 그는 잠잠히 있지 않았습니다. 그의 그러한 행동은 삼위일체가 거짓 가르침이라고 생각했지만 자신의 견해를 숨긴 뉴턴과는 대조가 되었습니다. 휘스턴은 이렇게 썼습니다. “그 어떤 세상적인 욕망이든 무엇이든 ··· 나를 단념시키지는 못할 것이다.”

1710년, 휘스턴은 케임브리지 대학교에서 쫓겨났습니다. 그는 자신의 믿음을 타협하기를 거부했기 때문에 “저명한 학자에서 외톨이로 전락”하고 말았습니다. 그렇지만 그는 두려워하지 않았습니다. 이단이라는 고발을 당하면서도 「초기 그리스도교 부흥」(Primitive Christianity Revived)이라는 일련의 논문을 썼습니다. “초기” 그리스도교란 예수의 초기 제자들이 실천했던 원래의 그리스도교를 가리키는 말입니다. 훗날, 휘스턴은 초기 그리스도교 진흥 협회를 설립했는데, 그 회원들은 런던에 있는 그의 집에서 모였습니다.

교수직을 잃고 한동안 재정적 어려움을 겪었지만, 휘스턴은 계속해서 집필 활동을 하고 런던의 커피하우스들에서 강의를 했습니다. 1737년에는 초기 그리스도교의 역사적 배경을 이해하는 데 도움이 되도록, 자신이 번역한 요세푸스의 저술물을 출판했습니다. 그 저술물은 지금까지도 인쇄되고 있습니다.

대중의 지지를 얻지 못하는 견해를 용기 있게 고수한 휘스턴은 오늘날 많은 사람에게 “유별난 인물”로 여겨진다고 제임스 E. 포스라는 저술가는 말합니다. 하지만 일부 사람들은 그가 종교적 진리를 찾기 위해 진실한 노력을 기울였으며 신념을 굽히지 않은 존경할 만한 성서 학자라고 생각합니다.