Da de religiøse lederne i kristenheten hørte at Jehovas vitner hadde fått religionsfrihet, ble det ramaskrik. Mer enn 700 prester og forstandere fra 7 protestantiske kirkesamfunn holdt et seminar i Jakarta for å oppfordre regjeringen til å gjeninnføre forbudet. Men regjeringen lot seg ikke rokke.

Etter hvert som nyheten spredte seg om at forbudet var blitt opphevet, skrev mange interesserte til avdelingskontoret og bad om litteratur eller bibelstudium. I 2003 var det over 42 000 som overvar minnehøytiden, over dobbelt så mange som antall forkynnere i landet. Nesten 10 000 var på et stevne i Jakarta, deriblant en høytstående embetsmann i departementet for religiøse saker. Han var imponert over å se både unge og eldre i forsamlingen slå opp skriftstedene i sin egen bibel. Han forsikret brødrene om at han skulle sørge for at de uriktige opplysningene om Jehovas vitner ble rettet opp.

Det at forbudet ble opphevet, åpnet også for at misjonærene kunne vende tilbake til Indonesia. De første misjonærene som kom tilbake, var Josef og Herawati Neuhardt * (fra Salomonøyene), Esa og Wilhelmina Tarhonen (fra Taiwan), Rainer og Felomena Teichmann (fra Taiwan) og Bill og Nena Perrie (fra Japan). Etter dem kom det nye Gilead-misjonærer, som ble sendt til Nord-Sumatra, Kalimantan, Nord-Sulawesi og andre mindre sentrale steder.

 I 2005 holdt avdelingskontoret kurs ved to nye teokratiske skoler. En av lærerne på Tjenesteopplæringsskolen (nå kalt Skolen for kristne forkynnere), Julianus Benig, sa: «Jeg satte virkelig pris på å hjelpe elevene til å bli dyktigere til å undervise og holde taler og til å bli enda nyttigere for organisasjonen.» Mange som har blitt uteksaminert fra denne skolen, tjener nå som spesialpionerer eller kretstilsynsmenn. De fleste brødrene som gikk i den første klassen på Skolen for reisende tilsynsmenn (nå kalt Skolen for kretstilsynsmenn og deres koner), hadde fått opplæring i reisetjenesten mens arbeidet var forbudt. Den nye skolen hjalp dem til å utføre oppgaven sin også etter at forbudet var opphevet. Ponco Pracoyo, som gikk i den første klassen, sa: «Skolen hjalp meg til å  bli mer forståelsesfull og ansvarsbevisst i oppgaven min som kretstilsynsmann. Den var oppmuntrende og motiverende!»

Under det 25 år lange forbudet kom de fleste menighetene i Indonesia sammen i private hjem. Det var få menigheter som hadde råd til å bygge en Rikets sal, og det var nesten umulig å få byggetillatelser til nye saler. Siden det i mange menigheter var smekkfullt på møtene, opprettet avdelingskontoret en avdeling for bygging av Rikets saler (nå kalt bygge- og prosjekteringsavdelingen).

Et av de første stedene som hadde nytte av byggeprogrammet, var øya Nias i Nord-Sumatra. «Da vi fikk vite at vi skulle få en ny Rikets sal, ble vi jublende glade», sier Haogo’aro Gea, som har tilhørt Gunungsitoli menighet i mange år. «Avdelingskontoret sendte sju byggefrivillige som skulle føre tilsyn med prosjektet. Salen stod ferdig i 2001.» Faonasökhi Laoli i det lokale byggeutvalget sa: «Før hadde vi møtene i private hjem, og lokalsamfunnet så ned på Jehovas vitner. Men så snart salen var ferdig, steg den gjennomsnittlige møtedeltagelsen fra 20 til 40. På tolv måneder gikk den opp med 500 prosent. Møtelokalet vårt er det fineste i området, og lokalsamfunnet ser med respekt på Jehovas vitner.»

I 2006 begynte brødrene i Bandung i Vest-Java å lete etter en tomt til byens første Rikets sal. «Det tok tolv måneder å finne en egnet tomt», sier Singap Panjaitan, en eldste som tjente i byggeutvalget. «Men vi trengte underskriften fra minst 60 naboer som ikke  var Jehovas vitner, for at myndighetene skulle gi oss byggetillatelse. Det var 76 naboer som støttet prosjektet, deriblant en innflytelsesrik dame som hadde motarbeidet oss i begynnelsen. Da salen var ferdig, inviterte vi naboene og borgermesteren i Bandung til åpent hus. Han sa: ‘Dette rene og ryddige gudshuset setter standarden for alle andre kirker.’» Den toetasjes salen ble innviet i 2010.

Siden 2001 har det blitt bygd over 100 Rikets saler i Indonesia, men det er fortsatt behov for flere.