Когда Свидетелям Иеговы была предоставлена свобода вероисповедания, христианское духовенство было крайне раздосадовано. В результате в Джакарте прошел семинар с участием 700 представителей духовенства и активистов из числа мирян. Его целью было побудить правительство вновь наложить запрет на деятельность Свидетелей. Однако убедить правительство духовенству не удалось.

После того как по всей стране стало известно, что запрет снят, многие люди написали в филиал с просьбой выслать им литературу или начать с ними изучение Библии. В 2003 году Вечерю воспоминания посетило более 42 000 человек, что в два раза превысило число возвещателей в стране. В том же году на конгрессе в Джакарте присутствовало почти 10 000 человек. Среди них был высокопоставленный чиновник из Министерства по делам религий. Его удивило, что и молодые, и пожилые следили по Библии за стихами, которые читали докладчики. Чиновник заверил братьев в том, что теперь намерен пресекать распространение ложной информации о Свидетелях Иеговы.

Благодаря тому что запрет был снят, в Индонезию смогли вернуться миссионеры. Первыми приехали Йозеф и Херавати Нойхардт * (с Соломоновых островов), Эса и Вилхелмина Тархонен, Райнер и Феломена Тайхман (из Тайваня), Билл и Нина Перри (из Японии). Вслед за ними прибыли недавние выпускники Школы Галаад, которые были назначены в провинции Северная Суматра, Северный Сулавеси, а также на остров Калимантан.

 В 2005 году под надзором филиала были проведены две новые библейские школы. Юлианус Бениг, один из преподавателей Школы усовершенствования служения (сейчас Школа благовестников Царства), сказал: «Я с радостью помогал братьям совершенствовать их учительские и ораторские навыки и стать более полезными для организации». Многие из выпускников этой школы служат специальными пионерами или районными надзирателями. Большинство братьев — выпускников первого класса Школы для разъездных надзирателей (сейчас Школа для районных надзирателей и их жен) уже прошли обучение во время запрета. Однако новая школа дала им знания, необходимые для разъездного служения в новых условиях — после снятия запрета. Понсо Прасойо, выпускник первого класса этой школы, рассказывает: «Школа помогла мне стать более чутким, научила более ответственно относиться к своим обязанностям. Обучение помогло мне посмотреть на многие вещи по-новому и вдохновило меня служить дальше».

В период 25-летнего запрета большинство собраний в Индонезии проводили встречи в небольших частных домах. Построить свой Зал Царства могли лишь немногие собрания. К тому же получить разрешение на строительство богослужебного здания было практически невозможно. Все же собрания невероятно быстро росли, и возникла острая потребность в Залах Царства. В связи с этим в филиале был создан стол строительства Залов Царства (сейчас местный проектно-строительный отдел).

Одним из первых регионов, где начала действовать новая программа, был остров Ниас в провинции Северная Суматра. Хаогоаро Геа, который давно служит в собрании «Гунунгситоли», рассказывает: «Когда мы узнали, что у нас будет свой Зал Царства, мы были в восторге. Чтобы координировать работу над проектом, филиал направил сюда бригаду из семи строителей-добровольцев. Зал был построен в 2001 году». Фаонасохи Лаоли, член местного строительного комитета, вспоминает: «Раньше мы собирались в маленьких частных домах и местные жители смотрели на Свидетелей Иеговы свысока. Но когда был построен Зал Царства, среднее число присутствующих сразу же выросло с 20 до 40 человек. Менее чем за год посещаемость возросла на 500 процентов! Наш Зал Царства — самое привлекательное религиозное здание в этих местах, и теперь все относятся к Свидетелям Иеговы с уважением».

В 2006 году в Бандунге (провинция Западная Ява) братья начали искать участок земли для строительства первого в городе Зала Царства. Сингап Панджайтан, старейшина, который служил в строительном комитете, делится: «Мы целый год искали подходящий участок. Но для того чтобы власти дали нам разрешение на  строительство, нам нужно было согласие как минимум 60 не-Свидетелей, живущих рядом с этим участком. К счастью, наш проект поддержали 76 человек, в том числе одна влиятельная женщина, которая поначалу нам противодействовала. Когда строительство закончилось, мы организовали в Зале Царства день открытых дверей и пригласили на него соседей, а также мэра города. Вот что мэр сказал о нашем Зале: „Это чистое, опрятное здание для богослужений задает планку, на которую должны равняться все церкви“». Посвящение этого двухэтажного Зала Царства состоялось в 2010 году.

С 2001 года в Индонезии было построено более 100 Залов Царства, однако требуется построить еще больше.