Kada je hrišćansko sveštenstvo čulo da je Jehovinim svedocima podarena sloboda veroispovesti, bilo je van sebe od besa. Više od 700 uticajnih sveštenika i laika iz sedam protestantskih crkava održalo je seminar u Džakarti da bi navelo vladu da ponovo uvede zabranu. Ali vlada je ostala pri svome.

Kada su se vesti o ukidanju zabrane pronele zemljom, mnogi ljudi su pisali podružnici s molbom da dobiju literaturu ili da neko proučava s njima. Na Spomen-svečanosti 2003. bilo je preko 42 000 osoba, duplo više od tadašnjeg broja objavitelja u zemlji. Skoro 10 000 ljudi došlo je na pokrajinski sastanak u Džakarti, a među njima je bio i visoki zvaničnik iz Ministarstva vera. On je bio zadivljen kada je video da i mladi i stari u publici u svojim Biblijama prate stihove koje govornik čita. Uverio je braću da će se truditi da opovrgne laži koje kruže o Jehovinim svedocima.

Ukidanje zabrane značilo je da misionari mogu da se vrate u zemlju. Prvi koji su se vratili bili su Jozef i Heravati Nojhart a (sa Solomonovih ostrva), Esa i Vilhelmina Tarhonen (sa Tajvana), Rajner i Felomena Tajhman (sa Tajvana) i Bil i Nena Peri (iz Japana). Posle njih su došli novi misionari iz Galada i oni su raspoređeni po provincijama Severna Sumatra, Kalimantan, Severni Sulavesi i po drugim dalekim područjima.

 Podružnica je 2005. godine organizovala razrede za dve nove škole. Jedan od instruktora u Školi za obučavanje naimenovane braće (sada Škola za objavitelje Kraljevstva), Džulijanus Benig, rekao je: „Bilo je pravo zadovoljstvo pomagati polaznicima da postanu bolji učitelji i govornici, tako da mogu dati još veći doprinos u našoj organizaciji.“ Mnogi koji su završili ovu školu sada služe kao specijalni pioniri ili putujući nadglednici. Većina braće koja su pohađala prvi razred Škole za putujuće nadglednike (sada Škola za pokrajinske nadglednike i njihove supruge) već je dobila obuku za vreme zabrane. Međutim, u novoj školi su naučili kako da izvršavaju svoje zadatke sada kada imaju slobodu veroispovesti. Pončo Pračojo, koji je bio u tom razredu, kaže: „Škola mi je pomogla da se više uživljavam u situaciju drugih i da odgovornije  obavljam dužnosti koje imam kao pokrajinski nadglednik. Osvežila me je i motivisala.“

Tokom 25 godina, koliko je trajala zabrana, većina skupština u Indoneziji održavala je sastanke u privatnim domovima. Malo skupština je moglo priuštiti gradnju Dvorane Kraljevstva, a pored toga bilo je gotovo nemoguće dobiti građevinske dozvole. Pošto su mnoge skupštine prosto bujale, podružnica je oformila Odeljenje za gradnju Dvorana Kraljevstva (sada Odeljenje za projektovanje i gradnju).

Jedno od prvih područja na kom je sproveden novi program gradnje bilo je ostrvo Nias, u provinciji Severna Sumatra. „Kad smo čuli da ćemo dobiti novu Dvoranu Kraljevstva, bili smo presrećni“, rekao je Haogoaro Gea, dugogodišnji član skupštine Gunungsitoli. „Podružnica je poslala sedam dobrovoljaca da nadgledaju projekat. Dvorana je završena 2001.“ Faonasoki Laoli, član lokalnog odbora za gradnju kaže: „Ranije smo se sastajali u skučenim domovima i ljudi su s nipodaštavanjem gledali na nas. Ali čim smo izgradili Dvoranu Kraljevstva, prosečan broj prisutnih na sastanku je skočio sa 20 na 40. Za godinu dana povećao se za više od 500 procenata. Naša dvorana je najlepši verski objekat u kraju, a ljudi nas gledaju s poštovanjem.“

Godine 2006, u Bandungu, u Zapadnoj Javi, braća su počela da traže plac za prvu Dvoranu Kraljevstva u ovom gradu. „Trebalo nam je 12 meseci da nađemo odgovarajući plac“, kaže Singap Pandžaitan, starešina koji je služio u odboru za gradnju. „Ali da bi nam vlasti dale građevinsku dozvolu, morali smo da dobijemo saglasnost  najmanje 60 komšija koji nisu Jehovini svedoci. Sedamdeset šest komšija nas je podržalo, uključujući i jednu uticajnu ženu koja je u početku bila protiv nas. Kad je dvorana bila završena, pozvali smo komšije i gradonačelnika Bandunga na dan otvorenih vrata. On je rekao: ’Vaša čista i uredna dvorana treba da služi za primer svim drugim crkvama.‘“ Ova jednospratna Dvorana Kraljevstva posvećena je 2010. godine.

U Indoneziji je od 2001. izgrađeno preko sto Dvorana Kraljevstva, a potrebno ih je još mnogo više.