Erasmus Yunanca ve Latinceye oldukça hâkimdi. Bu nedenle Vulgata gibi Latince Kutsal Kitap çevirilerini, Yunanca Kutsal Yazıların (Yeni Ahit olarak da bilinir) en eski Yunanca elyazmalarıyla karşılaştırabildi. Yaptığı bu araştırma sonucunda Kutsal Kitaptaki bilgilerin yaşamsal olduğuna ikna oldu ve Kutsal Yazıların o dönemde yaygın olan dillere tercüme edilmesi gerektiğini savundu.

Erasmus ayrıca, Hıristiyanlığın sadece anlamsız ayinlerden ibaret olmadığını, bir yaşam yolu olduğunu düşünüyordu. Dolayısıyla Katolik Kilisesinin değişiklikler yapması gerektiğine inanıyordu. Bu yüzden reformcular Roma Katolik Kilisesini protesto etmeye ve değişiklikler talep etmeye başladıklarında Katolik Kilisesi bunun arkasında Erasmus’un olduğundan şüphelendi.

Erasmus yazılarında, savaşları destekleyen hırslı papaları, din adamlarının güçlerini kötüye kullanmasını ve onların şaşaalı hayatlarını alaycı şekilde eleştirdi. O, yozlaşmış din adamlarının günah çıkarma, azizlere tapınma, oruç tutma ve hac ziyaretleri gibi kilise uygulamalarını kullanarak insanları sömürmelerini doğru bulmuyordu. Ayrıca kilisenin, papazların evlenmesini yasaklamasına ve para karşılığı günahları bağışlamasına da karşıydı.

1516 yılında Erasmus Yeni Ahit’i Yunanca olarak yayımladı. Böylece, Kutsal Yazıların bu kısmı ilk defa Yunanca olarak basılıp yayımlanmış oldu. Erasmus’un bu çalışmasında Vulgata’dan farklı olan kendi Latince çevirisi ve ayrıntılı notları da yer alıyordu. Zaman içerisinde çalışmasını gözden geçirdi ve düzeltmeler yaptı. Bunun sonucunda yayımladığı baskı Latince Vulgata’daki metinden oldukça farklıydı.

Bu farklardan biri 1. Yuhanna 5:7 ayetindeydi. Kutsal Kitaba dayanmayan üçleme öğretisini desteklemek için, Vulgata çevirisinde bu ayete comma Johanneum olarak bilinen şu cümlecik eklenmişti: “Gökte Baba, Söz ve Kutsal Ruh vardır ve bu üçü birdir.” Ancak Erasmus yayımladığı ilk iki baskıya bu sözleri dahil etmedi, çünkü başvurduğu Yunanca elyazmalarının hiçbirinde bu sözler yoktu. Fakat daha sonra kilise, bu sözleri üçüncü baskısına dahil etmesi için ona baskı yaptı.

Erasmus’un yayımladığı gözden geçirilmiş baskılar sayesinde Yunanca Kutsal Yazılar Avrupa dillerine daha iyi şekilde tercüme edilebildi. Martin Luther Kutsal Yazıların bu kısmını Almancaya, William Tyndale İngilizceye, Antonio Brucioli İtalyancaya ve Francisco de Enzinas İspanyolcaya çevirirken bu baskılardan yararlandı.

Erasmus tarihteki en önemli dinsel karışıklıklardan birinde ayakta kalmayı başardı. Protestan reformcular onun Yunanca Yeni Ahit metnini eşsiz bir yardımcı olarak gördü. Hatta bazıları Erasmus’un da bir reformcu olduğunu düşünüyordu, ta ki Reform hareketi gerçekten başlayana kadar. O, Reformun beraberinde getirdiği büyük teolojik tartışmalarda taraf olmayı reddetti. David Schaff adındaki bir bilgin 100 yıldan uzun bir süre önce Erasmus hakkında şu ilginç yorumda bulundu: “Öldüğünde hiçbir tarafa ait değildi. Katolikler onu sahiplenmek istemiyor, Protestanlar da sahiplenemiyordu.”