УЇСТОН також відомий — особливо дослідникам Біблії — за свій переклад англійською мовою творів юдейського історика I сторіччя Йосифа Флавія. Праці Флавія допомагають більше дізнатись про історію євреїв і світ часів перших християн.

Уїстон мав гострий розум і цікавився багатьма питаннями, насамперед науковими та релігійними. Він вважав, що біблійна оповідь про створення є точною і що порядок, краса і продуманість всього у природі свідчать про існування величного Будівничого.

Крім того, на думку Уїстона, у християнстві з’явилося так багато течій тому, що духівництво перестало слухатися Біблії та почало дотримуватися небіблійних вчень і традицій, запроваджених церковними соборами і так званими отцями церкви.

Уїстон був переконаний, що Біблія є джерелом релігійної правди, тому відкинув ідею про вічні муки у вогняному пеклі. Він вважав, що ця ідея абсурдна, жорстока і ображає Бога. Церковні провідники почали вороже ставитись до Уїстона передусім через те, що він відкидав догмат про Трійцю. Згідно з цим догматом, Бог — це три однаково вічні та рівні між собою особи: Отець, Син і Святий Дух. Попри це, як твердить догмат, вони є не трьома богами, а одним.

Після ретельних досліджень Вільям Уїстон дійшов висновку, що перші християни не навчали про Трійцю. Він зрозумів, що церква перейняла ідею про Трійцю пізніше, коли християнська релігія почала змішуватись з язичницькою філософією *. Друзі Уїстона застерігали його, що публікувати такі відкриття небезпечно. Але він не міг миритися з перекрученим, на його думку, поглядом на природу Ісуса, який насправді був Божим Сином і Божим творінням.

Посади в Кембриджському університеті могли обіймати лише ті викладачі, чиї переконання не суперечили вченням англіканської церкви. Тож Уїстон ризикував втратити своє місце. Проте він не мовчав — на відміну від Ньютона, який теж вважав вчення про Трійцю фальшивим, але не говорив відкрито про свої погляди. Уїстон писав: «Жодні світські прагнення... не змусять мене змінити свою думку».

У 1710 році Уїстона вигнали з Кембриджського університету. «Відомий вчений став вигнанцем», через те що не відмовився від своїх переконань. Але навіть це не злякало Уїстона. Коли його звинуватили в єресі, він написав серію есе за назвою «Раннє християнство відновлене». Там ішлося про початкову форму християнства, яку сповідували перші послідовники Ісуса. Згодом Уїстон заснував Товариство підтримки раннього християнства, члени якого зустрічались у помешканні цього вченого в Лондоні.

Хоча Уїстон втратив посаду і певний час мав фінансові труднощі, він продовжував писати твори і виступати з лекціями у кав’ярнях Лондона. Щоб допомогти людям зрозуміти, яким було життя за часів перших християн, 1737 року Уїстон опублікував свій переклад праць Йосифа Флавія. Цей переклад видається і досі.

За словами Джеймса Форса, сьогодні багато хто вважає Уїстона «ексцентричною фігурою», адже він відважно поширював непопулярні погляди. Інші ж захоплюються ним як біблеїстом, щирим шукачем релігійної правди і людиною, яка невідступно трималася своїх переконань.